Tuan Yang Terutama Yang di-Pertua Negeri Sabah
Tuan Yang Terutama Yang di-Pertua Negeri Sabah merupakan ketua dan pemerintah bagi Negeri Sabah. Beliau dilantik oleh Seri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong setelah mendapat nasihat daripada Ketua Menteri Sabah. Menurut Perlembagaan Negeri, Yang di-Pertua Negeri dilantik selama empat tahun. Sebelum ini istilah Gabenor digunakan.
Yang di-Pertua Negeri menjalankan kuasa eksekutif mengikut Perlembagaan Negeri dan membuat keputusan dengan nasihat Kabinet atau Ketua Menteri. Bagaimanapun, beliau juga boleh bertindak atas budi bicaranya dalam melaksanakan beberapa fungsi seperti melantik Ketua Menteri dan menangguh dari memperkenankan permohonan untuk membubarkan Dewan Undangan.
Persetujuan daripada Yang Di-Pertua Negeri adalah diperlukan bagi semua undang-undang yang diluluskan oleh Dewan Undangan Negeri.
Sabah tidak mempunyai raja atau sultan. Sebaliknya Yang Di-Pertua Negeri merupakan ahli Majlis Raja-Raja. Setiap mesyuarat yang dihadirinya akan diiringi oleh Ketua Menteri Sabah. Bagaimanapun, Yang Di-Pertua Negeri tidak boleh mengundi untuk memilih Yang Di-Pertuan Agong dan tidak boleh mempengerusikan mesyuarat Majlis Raja-Raja.
Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri kekal beroperasi sehinggalah masa kini dalam pentadbiran negeri setelah kemerdekaan. Pada akhir tahun 1963, kesemua Jabatan Kerajaan yang bertanggungjawab langsung kepada Setiausaha Kerajaan telah dipindah ke Kementerian-Kementerian berkenaan dan Setiausaha Kerajaan merangkap Setiausaha Tetap kepada Jabatan Ketua Menteri. Setiausaha Kerajaan sebagai Setiausaha Tetap bagi Jabatan Ketua Menteri, Sabah mempunyai Jabatan, Bahagian dan Unit sokongan iaitu:
Sabah mempunyai sebelas (11) Kementerian yang berfungsi untuk menjalankan tanggungjawab serta portfolionya yang tersendiri. Kementerian-kementerian tersebut adalah seperti berikut: